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北京大学运动医学研究所是国内早成立的集临床与科研为一体的运动医学研究所，于1959年1月成立于北医三院，1989年成为国家教委重点学科，1996年成为首批进入211工程的重点建设学科，1999年成为的中国奥委会和国家体育总局指定的运动员伤病防治中心，2000年成为全国的运动医学领域长江学者计划特聘教授岗位设立单位，2001年成为国家重点学科，2002年成为Smith & Nephew大中国区关节镜培训中心，2007年成为卫生部和中国医师协会认证的全国大的关节镜培训中心，2008年在强生公司支持与赞助下建成中国大型关节镜外科技术培训中心，2009年1月成为教育部长江学者和创新团队发展计划“创新团队”。
经过近50年的发展，在运动创伤、运动营养、医务监督和运动康复四个领域一直处于国际同步、国内领先水平，拥有像曲绵域、田得祥、于长隆、敖英芳等一批国内知名专家，技术力量雄厚，学术梯队完整，研究所致力于运动相关性疾病的预防、诊治和康复以及相关研究工作，是国家体育总局及中国奥委会指定的运动员伤病诊治中心，多年来为国家各级运动员、各类体育赛事及全民健身提供高质量的医疗服务和健康保障。
目前研究所有病房床位68张，年门诊量达7万余人次，年手术量4500余例并逐年增长，仅前交叉韧带重建手术每年已经超过1400例，居全国首位。科研工作的核心围绕着运动创伤和修复中的相关问题进行，在运动员劳损性伤病、软骨损伤与修复、韧带断裂与重建、组织移植和细胞移植、基因等方面的研究均达到国际先进水平，多年来荣获国家科技进步二等奖1项，国家科技进步三等奖1项，省部委级科技成果奖30余项。
研究所现为国内具影响力的关节镜培训中心，每年接受国内外进修医生100人以上。每年举行国际性或全国性的关节镜学术会议和学习班。研究所目前学术梯队完整，技术力量雄厚，同时与美国匹兹堡大学骨科和运动医学中心、德国弗莱堡大学、德国海德堡ATOS医疗中心、法国巴黎L’Appareil Locomoteur Nollet研究所骨科和韩国首尔MADI医院等医疗机构和大学建立了长期合作关系，每年派遣业务骨干赴海外参观访问和进修学习。
研究所的护理队伍也随着运动医学事业的发展而不断发展和壮大，并获全国卫生系统护理专业“巾帼文明岗”称号。
为运动员服务方面，研究所医师以上级别的专家为多个国家队和北京队提供常年的医疗保障，并分别有8名和10名专家被国家体育总局指定为第28届雅典奥运会和第29届北京奥运会国家队医疗专家，曾获第26、28届奥运会科技工作特别贡献奖，及北京2008奥林匹克运动会特殊贡献奖。
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