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首先是企业的增值税和附加税，无论是个人独资企业，还是个体工商户都需要按照适用的征收率缴纳增值税，小规模纳税人的情况下为3%（减免政策1%），且小规模纳税人季度销售额45万以内普票还可以享受免征，专票正常缴纳，但若一个季度专票普票加起来超过了45万，那么则不能享受普票部分的免征政策了。
个人所得税为了规范和加强个体工商户个人所得税的征收管理，根据个人所得税法等有关规定。
征收方式一般有查账征收，核定征收、定期定额等几种征收方式。
查账征收：个体工商户的生产、经营所得，以每一纳税年度的收入总额，减除成本、费用、税金、损失、其他支出以及允许弥补的以前年度亏损后的余额，为应纳税所得额，适用5%-35%的五级超额累进税率计算缴纳个人所得税。
核定征收与定期定额征收大同小异，可以说都是核定征收的形式，适用小规模的一些企业财务制度不健全，依照相关规定给予按照核定的方式计征缴纳个人所得税。查账征收是可以准确计算成本、费用、损失等其他支出，而核定征收则是因为不能准确计算成本、费用、损失等其他支出，因此按照一定的税率核定个人所得税，如10%的应税率方式，或0.5%-1%的定额方式。
其次是个人独资企业，根据财税{2000}91号文件，个人独资企业和合伙企业征收所得税问题的通知，个人独资企业和合伙企业停征企业所得税，只对其投资人的经营所得征收个人所得税。
同样个人独资企业适用的有查账征收和核定征收等几种计税方式。
查账征收：个人独资企业和合伙企业每一纳税年度的收入总额减除成本、费用以及损失后的余额，作为投资者个人的生产经营所得，比照个人所得税法的“个体工商户的生产经营所得”应税项目，适用5%～35%的五级超额累进税率，计算征收个人所得税。
如某个人独资企业年度销售总额为200万元，成本100万元，费用40万元，各项损失综合15万元，那么应纳税所得额则为200-100-40-15=45万，根据5%-35%的累进税率表适用第4级税率30%，速算扣除数为4.05万元，实际个人所得税则为45万元*30%-4.05万=9.45万元。
核定征收：当前适用的较多的核定征收为应税所得率10%的方式计算，计算公式：
应纳所得税额=应纳税所得额×适用税率（5%-35%）
应纳税所得额=收入总额×应税所得率（10%）
同样以上述某个人独资企业年度销售总额为200万元，但成本、费用及各项损失支出等无法核算，因此按照10%的应税率核定征收个人所得税为：
应纳税所得额：200万*10%=20万，对应的五级超额累进税率为20%，速算扣除数为1.05万。
应纳所得税额：20万*20%-1.05万=2.95万。
个体户与个人独资企业的核定征收目前都主要适用小规模纳税人，小微企业的形式，部分地区可申请。
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