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通常公司经营发展中会遇到股东从公司账户拿钱，有的是直接以股东分红正常缴纳个人所得税，有的则是以向公司借款的方式拿钱。但即使是借款也涉及到相关的个人所得税问题。
某地税务部门稽查局在对某化工企业（有限责任公司）当年度的纳税情况进行全面抽查过程中发现，该企业的其他应收账簿中，有笔股东借款100万元一直挂账中，到年底尚未归还。经调查核实，该笔其他应收款为股东借款私人用途，既未归还，也未用于该公司生产经营。
据此，税务部门责令该公司应按照“利息、股息、红利所得”为其代扣个人所得税20万元，并对该公司处以未履行代扣税款50%的罚款计10万元。
而很多人通常对于股东借款个人所得税的问题政策的理解可能稍微偏差，所以造成了补税罚款的情况出现。
关于股东借款的个人所得税问题主要的政策依据是财政部、国家税务总局《关于规范个人投资者个人所得税征收管理的通知》(财税〔2003〕158号)第二条规定，纳税年度内个人投资者从其投资企业(个人独资企业、合伙企业除外)借款，在该纳税年度终了后既不归还，又未用于企业生产经营的，其未归还的借款可视为企业对个人投资者的红利分配，依照“利息、股息、红利所得”项目计征个人所得税。
这里的纳税年底终了是指自公历1月1日起至12月31日止，纳税年度实为自然年度，所以归还日期应是个人股东借款当年的12月31日前。所以要注意了而不是部分人所理解的借款满12个月（期限超过一年）。
而期限超过一年的说法则是根据《国家税局总局关于印发（个人所得税管理办法）的通知》规定的第四条：加强个人投资者从其投资企业借款的管理，对期限超过一年又未用于企业生产经营的借款，严格按照有关规定征收个人所得税。
因此都知道个人独资企业、合伙企业及个体工商户这几类企业实际上缴纳的是投资者的个人（经营）所得税，其不适用企业所得税法，依法不缴纳企业所得税，缴纳个人所得税的税率一般适用5%-35%的五级超额累进税率表。且在个独、合伙企业完税后就无需再以借款的形式公转私，直接公转私利润分配即可，无需再次按照利息、股息、红利所得缴纳个人所得税了。
按照核定征收的个人独资企业更适合个人（团队）类型的短期业务，解决开票申报纳税的问题，如目前重庆、上海等地区个独企业的核定征收不要求企业的费用成本等情况直接依照其收入总额的10%核定出应纳税所得额，然后再对照五级超额累进税率计算个人所得税，限小规模纳税人的形式，销售额500万内的个人所得税税率为0.5%-2.19%，小规模纳税人增值税1%（增值税减免政策），附加税0.06%，综合税率3%内即完税。当然无论哪种方式，企业业务的真实性是首要的，合理的利用政策降低税负压力。
